Al represeor se lo acusaba de asociación ilícita y de coautor mediato de los delitos de allanamiento, detención y privación ilegal de la libertad y torturas; ocurridos en Concordia, Concepción del Uruguay y Gualeguaychú.
Harguindeguy fue un ex general de división del Ejército Argentino, que ejerció el cargo de Ministro del Interior bajo el gobierno de facto del Teniente General Videla. Cumplía prisión domiciliaria y seguía el debate y oral público desde el Consejo de la Magistratura de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires (CABA). Sin embargo, se ausentó de las últimas audiencias por problemas de salud. Fue la primera y única vez que estuvo en el banquillo de los acusados, por violaciones a los derechos humanos.
Estaba involucrado en violaciones a los derechos humanos. Había sido beneficiado por el indulto del ex presidente Carlos Menem en 1989, junto con otros militares que participaron del Terrorismo de Estado entre 1976 y 1983.
